Após a extinção da Comissão chefiada por Moraes Rego, o Ministério de Viação e Obras Públicas (MVOP) só vai se pronunciar novamente sobre a questão da Baixada Fluminense em 1918, quando a Câmara dos Deputados solicita a este Ministério informações sobre a extinta Comissão. Dentre as questões levantadas, importava à Câmara¹: a quantia repassada para realização dos serviços; a situação do material adquirido; a alocação dos funcionários da Comissão; e a quantia dispensada pelo governo a estes últimos. As informações foram prestadas ao Ministério por Alfredo Lisboa, chefe da Inspetoria Federal de Portos, Rios e Canais, órgão responsável por todo material da CFSBF desde a sua extinção. 
     Assim, essa questão voltaria a constar como um tópico próprio no relatório do MVOP, ano de 1919. Segundo esse relatório, as obras, paralisadas desde junho de 1916, seriam retomadas a partir de um acordo firmado entre o governo federal e o governo estadual.
     Estes governos, representados respectivamente pelo Ministro da Viação e Obras Públicas, Afrânio de Mello Franco, e pelo secretário geral do Estado do Rio de Janeiro, Domingos Mariano Barcellos de Almeida, em 26 de julho de 1919 firmaram um acordo de cooperação² para a atuação na região.
     Apesar do aparente ânimo do presidente do estado quanto à retomada dos trabalhos³ na região, esse acordo não passou de um termo de intenções. Talvez sua utilidade tenha tido cunho muito mais político, no sentido de dar uma resposta à Câmara de Deputados e à sociedade em geral sobre o abandono das obras. 
     No entanto, destaca-se o fato de que, nesse período, o presidente do Estado do Rio de Janeiro também realiza um acordo com a Fundação Rockefeller para instalação de postos de combate às doenças endêmicas nos seguintes municípios: Resende, Itaperuna, Campos e São Gonçalo. Outros postos localizados na baixada, como os postos de Meriti, Pavuna, Queimados e Itaguaí, foram fruto de um acordo com a União, tendo em vista o Decreto 13.538 do Serviço Federal de Profilaxia Rural.
     Pode-se afirmar que ocorre uma retomada da preocupação com o saneamento, expressa nas duas iniciativas: acordo com o MVOP e implantação de postos de profilaxia rural. No entanto, apenas estes últimos são instalados, não havendo no período nenhuma ação de saneamento rural organizada nos moldes das Comissões de engenheiros sob a responsabilidade do MVOP.
     A ação de Comissões é retomada em 1920, através do Decreto nº 14.589 de 30 de dezembro de 1920, assinado pelo presidente Epitácio Pessoa, quando é concedida a Jerônimo Teixeira de Alencar Lima e ao Banco Português do Brasil, que juntos formaram a Empresa de Melhoramentos da Baixada Fluminense, "a concessão de serviços e prosseguimento das obras de saneamento da região occidental da bahia de Guanabara, na Baixada Fluminense".
     Esse decreto toma por base o acordo firmado com a firma Gebrueder Goedhart para as obras de saneamento iniciadas em 1910, e transfere a concessão para a firma de Melhoramentos organizada por Alencar Lima.
     Segundo Góes,o processo de concessão foi avaliado durante o ano de 1920 por uma Comissão nomeada "para proceder aos estudos necessários entre Manguinhos e Raiz da Serra e verificar a possibilidade de execução do canal sugerido pelo engenheiro Alencar Lima". A Comissão chefiada por J.B. de Moraes Rego realizou estudos de marés, correntes, sondagens e medições de descargas dos rios que desembocavam na parte ocidental da baia de Guanabara. E mais: realizou análise dos terrenos compreendidos entre Raiz da Serra e Manguinhos, avaliou as propriedades existentes na Baixada Fluminense. Hildebrando de Góes foi responsável pela medição das descargas dos rios Meriti, Iguassú e Estrela.
     Apesar de o Decreto de concessão firmado pelo Governo a Alencar Lima reafirmar a continuidade dos serviços interrompidos em 1916, Góes em 1934, ao avaliar a atuação da comissão, destaca que a proposta apresentada apresentava uma técnica diametralmente oposta à comissão de 1910-1916.Ainda segundo Góes, a proposição da Comissão de 1920 era a separação absoluta das águas dos rios e do mar, enquanto a comissão anterior se utilizou técnicas de dragagem das barras.
     O projeto apresentado por Alencar Lima foi apreciado de forma diversa pelo chefe da Comissão*¹, J.B.Moraes Rego que apoiou proposta de trabalho e pelo chefe da 2ª seção técnica*² da Inspetoria Federal de Portos, Rios e Canais, Luiz J. Le Cocq d"Oliveira, que colocou-se francamente contrário à concessão dos serviços. 
     Apesar das divergências, a Empresa de Melhoramentos da Baixada Fluminense continuou ativa até o ano de 1931. Contudo, segundo o relatório elaborado por Hildebrando de Góes a Comissão não atuou efetivamente na Baixada Fluminense e seus trabalhos ficaram circunscritos ao aterro de Manguinhos.

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¹  Os seguintes documentos constituem este processo: Câmara dos Deputados, ofício 312, 1918; Ofício 558 da Inspetoria Federal dos Portos, chefiada por Alfredo Lisboa, esclarecendo ao Ministro Augusto Tavares Lyra as solicitações da Câmara dos Deputados.

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²  "I- A União continuará, desde já, a execução das obras do saneamento da Baixada Fluminense, que concluirá no prazo de sete anos contatos a partir da data do presente accôrdo, rectificando os rios e melhorando as terras, na área do Estado (...)

II- A' medida que forem sendo concluídas as obras do saneamento, o que deverá fazer-se ordenada e systematicamente por bacias hydrographicas completas, o Governo Federal as entregará ao Estado para conservação (...)
III-O governo do Estado lançará sobre as propriedades immoveis comprehendidas na área saneada uma taxa de melhoria que será annualmente de dous por cento (2%), no mínimo, sobre os valores accrescidos, resultantes do beneficio adquirido por aquellas propriedades. O valor accrescido de cada immovel será dado pela diferença verificada annualmente entre o valor total do mesmo immovel computado por ocasião de cada lançamento, e o valor correspondente que tiver servido para o calculo da desapropriação (...)
IV- A União, uma vez terminadas as obras a que se refere o presente accôrdo, cederá ao Estado, no caso de avocar este a si o serviço de conservação, todo o material, installações e apparelhamentos utilizados na construção, com o abatimento de cincoenta por cento (50%) sobre o respectivo custo (...).
V- Nas relações entre a União e o Estado (...), o Governo Federal será representado pelo engenheiro-chefe da respectiva construção, cabendo representar o governo fluminense ao funcionário technico que o presidente do Estado, para tanto, designar.
VI. As despesas que tiverem de ser realizadas pela União para a execução do presente accôrdo correrão por conta dos créditos que forem abertos nos termos da autorização constante do n.IV do art.111 da lei n.3674, de 7 de janeiro do corrente anno (...) 

Fonte: Relatório do Ministério de Viação de Obras Públicas de 1919, p. 187-220.

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³  Depois de longos mezes de trabalho, consegui chegar a um accôrdo com o Governo Federal para continuação das obras da baixada fluminense, paralysadas ha tanto tempo. 
Decretadas em 1910, pelo eminente Dr. Nilo Peçanha, então Presidente da República, foram atacadas em vários pontos e não poderam ser terminadas por causas diversas, no prazo previsto pelo contracto effectuado para a relisação das mesmas.
(...)
Não cabe aqui fazer, por certo, a demonstração da necessidade inadiavel e indeclinavel da conclusão das obras de saneamento e aproveitamento d'essa zona: seria dizer o que está na consciência de todos vós e repetir o que se tem dito, escripto, commentado.
Bem inspirado andou o Governo Federal, servindo-se das disposições que lhe foram concedidas pelo Congresso Nacional para que as obras tivessem prosseguimento, e esse acto é dos que mais recomendam à estima e consideração dos fluminenses. 
Fonte: Mensagem apresentada à Assembléia Legislativa do Estado do Rio de Janeiro pelo Presidente Dr Raul de Moraes Veiga, RJ, 1919, p. 50.

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*¹  A baixada fluminense, livre da influencia das aguas do mar, será um território seco, tornando-se indispensável a construção da rêde de irrigação projetada.
A construção do canal acumulador é a única solução prática, capaz de separar as duas aguas e regularizar systematicamente a irrigação das terras. (...)
Sob o ponto de vista técnico, o ante-projeto do engenheiro Alencar Lima é perfeitamente aceitável em seus trações gerais, a sua execução dependendo dos estudos já feitos por esta Comissão. 
Fonte: Parecer do engenheiro-chefe, anexo ao Relatório dos serviços da Inspetoria Federal dos Portos, Rios e Canais, 1920, p. 77,78 e 79.

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*²  (...) Com relação aos serviços de saneamento propriamente ditos não encontramos justificativa alguma no requerimento, da conveniência das obras projectadas, do seu custo de suas dimensões. (...) Sob o ponto de vista financeiro como sob o ponto de vista technico, não há, pois, conveniência em deferir o requerimento do engenheiro civil Jeronymo Teixeira de Alencar Lima.

Sob o ponto de vista technico, o projecto não está estudado e a sua importância não póde ser orçada.
Sob o ponto de vista financeiro, a operação com as restrições impostas de deposito emprego exclusivo é ofensiva à dignidade do Estado, além de que é onerosa em proveito unico do peticionario.  

Fonte: Parecer do engenheiro-chefe, anexo ao Relatório dos serviços da Inspetoria Federal dos Portos, Rios e Canais, 1920, pp 80,81 e segs.